آنچه پيرامون داستان حضرت يونس در تفاسير آمده اين است که آن حضرت سال‌هاى بسيارى مردم را به سوى خداپرستى دعوت کرد ولى از اين ميان تنها دو نفر به او ايمان آوردند، يکى شخصى عابد و ديگرى انسانى عالم، وقتى وضع بدين صورت ادامه يافت، عابد به يونس عليه السلام پيشنهاد نفرين کرد و حضرت که از سرسختى و لجاجت آنان به ستوه آمده بود به اين کار اقدام نمود و به محض پيدا شدن آثار بلا، بدون کسب اجازه از محضر خداوند، با خشم و غضب از منطقه خارج شد به اين گمان که ديگر از دست آنان راحت شده است، امّا نمى دانست که خداوند بخاطر اين کار زندگى را بر او سخت خواهد کرد.
وقتى از آنجا خارج شد، به سوى دريا رفت، سوار بر کشتى شده و به منطقه‌اى ديگر عزيمت نمود. در ميانه‌ى راه ناگهان کشتى به خاطر مواجه شدن با نهنگى بزرگ، دچار اضطراب گرديد و چيزى نمانده بود تا همه اهل کشتى غرق شوند.
صاحبان کشتى تصميم گرفتند تا براى رفع اين بلا، يک نفر از ساکنان کشتى را به دريا بيندازند و خود را از اين مصيبت رها سازند و چون قرعه کشيدند، نام يونس عليه السلام درآمد، لذا او را به دريا انداختند، بلافاصله نهنگ او را بلعيد و به درون دريا رفت، امّا به امر الهى از خوردن و هضم او منع گرديد.
يونس عليه السلام در آن تاريکى‌هاى شکم ماهى و اعماق آب به ظلم خود، به خروج نابجا از ميان مردم پى برد و به آن اعتراف کرد، پس خداوند دعاى او را مستجاب فرمود و او را از آن حال نجات داد. از آن پس يونس لقب «ذوالنون» به معناى صاحب ماهى يافت.
در آيات 143 و 144 سوره‌ى صافّات آمده است که: «فَلَوْ لا أَنَّهُ کانَ مِنَ الْمُسَبِّحِينَ. لَلَبِثَ فِي بَطْنِهِ إِلى يَوْمِ يُبْعَثُونَ» يعنى اگر نبود که او از زمره‌ى تسبيح‌کنندگان به شمار مى‌رفت، هر آينه تا روز قيامت در شکم ماهى محبوس مى‌گرديد.